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团队介绍

团队介绍:




北京北科德源生物医药科技有限公司团队硕士以上学历达到总人数的80%,成员汇集了计算生物学、基因组学、蛋白组学、软件工程等多学科多领域的优秀人才,致力于为用户提供高水平高质量的多方位服务,服务方式灵活多样,可以满足不同层次用户的需求。该团队受2013-2015年度北京市科学技术研究院创新团队计划支持。

专家介绍:

北京北科德源生物医药科技有限公司负责人,北京市特聘专家(海聚工程),入选第八批北京市海外高层次人才。目前的主要研究方向为:1)细菌耐药机制研究和小分子化合物药物开发;2)GPCR靶向小分子化合物药物研发。目前已经完成构建北京北科德源生物医药科技有限公司蛋白质靶向小分子化合物虚拟筛选平台,同时利用该平台发现两个针对耐药菌的新的先导化合物,经第三方验证具有明显生物活性。

赵勇博士在生物信息学领域有丰富的工作经验。曾留学加拿大多伦多大学10多年,回国前在国际结构基因组联盟多伦多大学分部任生物信息学研究员,主要负责生物信息分析,特别是蛋白质结构分析方面做出了突出的贡献,5年时间在PDB数据库发表了76个真核生物蛋白质晶体结构。精通常见生物信息学分析软件,具有生物信息学软件和数据库开发经验。精通基于蛋白质结构分析的小分子化合物药物虚拟筛选流程及软件。精通基于高通量测序的基因组学及比较基因组学的数据分析,其中包括基因组重测序、宏基因组分析、转录组分析和microRNA分析。过去两年,指导完成数十个对外分析项目,其中包括鱼肠道微生物宏基因组高通量测序数据分析、玉米基因组重测序、毛白杨全基因组基因注释等。具有生物信息分析流程构建和云计算流程开发和测试的经验。具有丰富生物医学研究实验室工作经验。

发表论文

1、NGS & metagenomics, Invited speaker,2013年4月10日,消化道微生物与鱼源宿主互作国际研讨会(Interaction between GI tract microbe and piscine host), hosted by Innovative Direction of Aqua Feed & Feed Additive, Key Laboratory for Feed Biotechnology of the Ministry of Agriculture, Feed Research Institute of Chinese Academy of Agricultural Sciences

2、赵勇, 黄劲松, 宋新蕊, 陈禹保, 童贻刚. 宏基因组的生物信息分析[J]. 生物信息学,2013,04:282-286.

3、黄勇,陈晨,张志毅,童贻刚,赵勇. Autodock Vina 与Discovery Studio 在虚拟筛选耐药蛋白抑制剂中的比较; 生物信息学(Chinese Journal of Bioinformatics); 2012年12 月第10 卷第4 期.

4、Artz JD, Wernimont AK, Allali-Hassani A, Zhao Y, Amani M, Lin YH, Senisterra G, Wasney GA, Fedorov O, King O, Roos A, Lunin VV, Qiu W, Finerty P Jr, Hutchinson A, Chau I, von Delft F, Mackenzie F, Lew J, Kozieradzki I, Vedadi M, Schapira M, Zhang C, Shokat K, Heightman T, Hui RThe Cryptosporidium parvum Kinome[J]. BMC Genomics, 2011, 12(1): 1-20.

5、Artz JD, Wernimont AK, Dunford JE, Schapira M, Dong A, Zhao Y, Lew J, Russell RG, Ebetino FH, Oppermann U, Hui R Molecular characterization of a novel geranylgeranyl pyrophosphate synthase from Plasmodium parasites[J]. Journal of Biological Chemistry, 2011, 286(5): 3315-3322.

6、Campagna-Slater V, Arrowsmith AG, Zhao Y, Schapira M. Pharmacophore screening of the protein data bank for specific binding site chemistry[J]. Journal of chemical information and modeling, 2010, 50(3): 358-367.

7、宋新蕊,李达,陈洁,赵勇. 计算机辅助药物筛选平台及应用[J]. 生物信息学.2014,12(4):300-304.

8、张媛,刘雨桐,李达,宋新蕊,周雪松,赵勇. 反向虚拟筛选平台及应用[J]. 生物信息学.2015,13(4):251-256.

9、Guo, R., Zhang, Y., Li, X., Song, X., Li, D., & Zhao, Y. Discovery of ERBB3 inhibitors for non-small cell lung cancer (NSCLC) via virtual screening. Journal of molecular modeling, 2016, 22(6), 1-9.

全文阅读链接:https://dx.doi.org/10.1007/s00894-016-3007-z

10、Li X, Zhang Y, Li H, et al. Modeling of The hERG K+ Channel Blockage Using Online Chemical Database and Modeling Environment (OCHEM).[J]. Molecular Informatics, 2017.

全文阅读链接:http://onlinelibrary.wiley.com/wol1/doi/10.1002/minf.201700074/abstract

11、Li X, Zhang Y, Chen H, et al. In silico prediction of chronic toxicity with chemical category approaches[J]. Rsc Advances, 2017, 7(66):41330-41338.

全文阅读链接:http://pubs.rsc.org/-/content/articlelanding/2017/ra/c7ra08415c

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赵勇  博士
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