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蛋白质结构分析工具

DALI Sever (给出链接 http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali_server/

提供蛋白质三维结构比对服务。

PDBeMotifhttp://www.ebi.ac.uk/pdbe-site/pdbemotif/

结合蛋白质序列、化学结构和3D数据对PDB数据库进行快速检索,提供蛋白质保守结构特征、结合位点特征、活性位点特征等。

WHAT IF (http://swiftNaNbi.ru.nl/servers/html/index.html )

提供一系列蛋白质结构分析服务。

PDBeFold/SSMhttp://www.ebi.ac.uk/msd-srv/ssm/

提供蛋白质三维结构相似性检测和结构比对。

ProFunchttp://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/profunc/index.html

依据蛋白质的序列和结构信息来预测蛋白质的功能。

PIChttp://pic.mbu.iisc.ernet.in/

根据经验或半经验规则计算蛋白质中不同种类的相互作用。

ConSurf Serverhttp://consurf.tau.ac.il/

基于序列相似性预测蛋白质或结构域表面重要功能区域。

StrucToolshttp://helixweb.nih.gov/structbio/basic.html

基于PDB结构信息进行结构生物学中的常规计算。

CAVER http://www.caver.cz/

分析并可视化蛋白质结构中的孔道。

eF-surf http://ef-site.protein.osaka-u.ac.jp/eF-surf/top.do

展示蛋白质分子三维结构表面的电势。

IBIS http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/ibis/ibis.cgi

预测生物分子间的相互作用。

Pocket-Finder http://www.modelling.leeds.ac.uk/pocketfinder/

预测蛋白质结构中的口袋结构。

FINDSITE http://cssb.biology.gatech.edu/findsite

预测蛋白质中配体结合位点。

ProPred http://www.imtech.res.in/raghava/propred/

预测抗原序列中MHC-Ⅱ结合区域

Catalytic Site Atlas http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/CSA/

酶活性位点数据库。

FunClust http://pdbfun.uniroma2.it/funclust/index2.py

鉴定非同源蛋白质中的功能基序。

RASMOT-3Dhttp://biodev.extra.cea.fr/rasmot3d/

搜索一组蛋白质基序中有相似拓扑的残基。

Profacehttp://resources.boseinst.ernet.in/resources/bioinfo/interface/

分析蛋白质相互作用界面的物理化学性质。

LIGPLOThttp://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LIGPLOT/

自动生成蛋白质与配体的相互作用图。

SABLEhttp://sable.cchmc.org/

基于序列预测未知结构蛋白质可及性表面区域、二级结构和跨膜结构域。

DiANNAhttp://bioinformatics.bc.edu/clotelab/DiANNA/

二硫键预测。

DSDBASEhttp://caps.ncbs.res.in/dsdbase//dsdbase.html

二硫键信息数据库。

MetalDetector(http://metaldetector.dsi.unifi.it/v2.0/ )

基于序列信息预测蛋白质中的金属结合位点。