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反向虚拟筛选平台简介

一、反向虚拟筛选简介

统计数据显示,研制成功一种新药需要约10~12年的时间,耗资10亿~15亿美元。计算机辅助药物设计技术能通过干涉新药发现流程(图1),大量降低研发成本和时间,增加经济社会效益。

图 1  计算机辅助药物设计与新药研发

反向虚拟筛选(图2)(Reverse Virtual Screening)是一种对给定药物或活性小分子通过计算方法找到其潜在药物靶标的技术。研究表明,药物作用的靶标不只一个而是多靶标。药物作用多靶标是药物毒副作用的根源,也是药物产生新作用的基础,预测药物靶标、探讨靶标疾病关系,是寻求疾病治疗的有效方法。

二、平台简介

我们以北京市计算中心超算平台为基石,AutoDock Vina方法为依托,内部648种疾病基因靶标的7606个活性位点数据库为关键,成功构建了反向虚拟筛选服务平台,为用户提供化合物靶标确证、药物新作用研究、药物毒副作用研究服务,并提供靶标相关PubMed、EC、UniProt、CAS、DrugBank信息搜索以及靶标活性位点信息搜索。

2 反向虚拟筛选流程和用途

三、平台使用

对于平台的使用,首先,用户需要注册,填写相关信息,登录平台。然后,选择数据库、上传小分子结构文件,选择筛选数据库,填写需返回结果数,提交筛选任务。最后,用户可以进行任务查看,结果将在一到三天内返回给用户。结果反馈时间与用户选择的数据库大小、小分子柔性有关,选择数据库越大,小分子自由度越大,筛选需要时间越长。

图 3  用户使用流程

四、平台特色

1.技术

    针对性:针对疾病靶标构建的活性位点数据库,针对性强。

    完整性:数据库中靶标晶体结构具备完整性,保证筛选准确度。

    可靠性:数据库的不断更新和人工确证,提高数据可靠性,增加筛选成功率。

2.效率

    此平台构建于北京市计算中心超算平台之上,具备强大的筛选能力

3.价格

    具有竞争力的价格优势


图 4  平台特色




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