当前位置 :虚拟筛选 > 帮助文档

一、虚拟筛选技术流程

二、用户提供参数

虚拟筛选平台需要用户上传蛋白质文件,选择筛选小分子化合物数据库,并给出筛选返回的小分子结构数目topN

三、蛋白质结构文件准备

支持蛋白质结构格式:.pdbqt格式。

pdbqt格式文件准备方法(推荐使用MGLtools软件):

1、  加氢

选择Edit->Hydrogens->Add: non-protein need add “all hydrogens”. Protein need add “Polar only”.

2、  删除原子或分子

Select->Select From String:

Then click “Add”, then click “Dismiss”.

Then: Edit->Delete->Delete AtomSet->…->Continue

3、保存为pdbqt格式

Grid->macromolecule->chose->Select Molecule->…->save protein.pdbqt file

四、靶标空间位置信息设置

1.  Set the Center Grid Box. (The values need to be remembered).

2.  Set the Spacing (angstrom) as 1.000.

3.  Set up the number of points in x,y,z-dimension. (The values need to be remembered for docking process).

五、选择小分子化合物数据库

小分子化合物数据库包含免费和付费两种,其中bcc_free提供用户免费筛选,包含1000个小分子结构,其他库的筛选需要付费使用。收费标准详见http://www.vslead.com/index.php?r=techSupport/standard。付费方式请联系songxr@bcc.ac.cn。

六、返回结果数topN指定

根据用户需求可以设为100200500等,表示要求返回前100200500个结果。